Le vicende del Ninjutsu sono sempre state intrecciate con quelle del Giappone, infatti, aldilà di tecniche e scuole, le forme che concretamente assunse dipesero dalle contingenze storiche…Prima sistema di salvaguardia del proprio clan e della propria famiglia, poi strutturate organizzazioni che lavoravano per conto di un qualche Daimyo (talvolta sempre lo stesso – talvolta no), per arrivare infine all’era Tokugawa, dove ci fu una svolta cruciale.
Alcuni, come il clan Togakure, si misero al servizio di Togukawa Ieyasu (che nel 1601 pacificò l’intero Giappone), in qualità di guardie del corpo, agenti segreti e di polizia. Altri presero infine strade diverse e perlopiù si estinsero.
Nel XIX° secolo, con l’avvento dell’epoca Meiji, i Ninja tornarono brevemente alla ribalta negli scontri che opposero l’Imperatore ai conservatori. Molti Ninja si distinsero combattendo per l’uno o l’altro schieramento.Tra essi, Ishitani Matsutaro ( ? – 1911) e Toda Shinryuken Masamitsu (1824 – 1909) : essi diedero un fondamentale contributo nel far sì che il Ninjutsu arrivasse fino ai nostri giorni, poiché entrambi furono maestri del grande Toshigatsu Takamatsu (1887 – 1972), che designò come suo successore Soke Masaaki Hatsumi, fondatore della Bujinkan.
